La Dirección de Pastoral se centra en evangelizar y formar a los miembros de la comunidad educativa para que sean hombres y mujeres para los demás, especialmente de los más pobres, siendo partícipes en la construcción de una sociedad más justa y solidaria.
Formación en Acción Social – FAS
Formación Espiritual – FES
Grupos Infantiles y Juveniles
Formación Cristiana
En contraposición a una sociedad competitiva donde el éxito de unos se ve condicionado por el fracaso de otros, se presenta un proyecto de gobierno 
estudiantil donde se pueda generar un proceso democrático participativo, que ponga en práctica los valores comunitarios que son parte de la formación integral de nuestra institución, y que, a través de un proceso electoral distinto, toda la comunidad Gonzaga se sienta involucrada y triunfante.
De esta manera, siendo coherentes con el momento histórico que estamos viviendo a nivel global e institucional, queremos transformar la participación sociopolítica de nuestra comunidad educativa, para responder de mejor manera a nuestra misión y visión institucional enmarcada en el “ser más para servir mejor”.
Misión del CEL Gonzaga
Somos una comunidad que, a través de los campamentos y el contacto con la naturaleza, colaboramos en la formación de líderes juveniles al estilo ignaciano.
Visión del CEL Gonzaga
Soñamos con formar jóvenes comprometidos con un estilo de vida basado en la sobriedad y el bien común con opción preferencial hacia los más vulnerables, teniendo en el centro de su vida a Dios.
La Coordinación de Formación Espiritualidad programa y facilita espacios de crecimiento espiritual para los distintos miembros de la comunidad y promueve la identidad ignaciana.
Buscando dar respuesta a la complejidad de las dinámicas sociales, la acción social consciente es un verdadero bastión de lucha por una sociedad humana, justa y equitativa. Al hablar de una acción social consciente se debe tener una visión que contribuya con la transformación social a través de la toma de conciencia de nuestra condición de seres humanos como un solo complejo donde todos los miembros sean reconocidos como actores y poseedores de una diversidad de recursos necesarios para conformar un verdadero proyecto humano.
En este sentido la U. E. San Luis Gonzaga en el afán de formar personas integrales para el servicio con los más necesitados, propone y articula proyectos de acción social donde los estudiantes, acompañados por facilitadores formados, tienen un encuentro con la realidad social donde se presentan condiciones de injusticia, exclusión o abandono.
Fruto de este encuentro, el estudiante logra generar espacios de reflexión que permitirán, de manera progresiva, la toma de conciencia de su condición humana y así la búsqueda de un proyecto de vida cuyo espíritu sea el compromiso con la transformación social desde cualquier ámbito en comunión con la formación y carisma ignaciano.
